为什么要学习编程来在生物技术和生物信息学领域大展宏图

在现代生物技术和医学时代,仅仅知道生物学已经不够好了。生物学家和生物技术专家也需要编程技能。编程在生物技术和医学领域越来越重要

想象一下,第二快的疫苗(腮腺炎疫苗)开发了5年。的COVID-19疫苗不到一年的时间。由于人工智能、大数据分析和生物信息学,这成为可能。

此外,核心生物技术是一个以研究为导向的职业道路。生物实验室技能可能不适用于金融或IT行业。如果你的技能多样化,这总是有帮助的。学习如何编写代码并理解数据科学的基础知识也可以帮助您进入其他行业。想成为一名生物学家?更好地学习编码

早些时候,Ankita Murmu(当时是科技生物技术专业的学生)分享了她作为一名在印度学习生物技术的B.Tech学生而且这是印度生物技术专业学生面临的常见问题.在这篇文章中,Ankita Murmu分享了她作为生物技术毕业生的职业生涯,特别是编程在生物技术中的重要性和她的学习路线图。

生物技术和生物信息学的编码和R编程

由Ankita伽

什么是编码和编程?

编程是21岁年轻人的重要技能之一世纪。在当今时代,没有编程是不可能的。从使用互联网到使用自动售货机,一切都能工作,因为有人写了代码。

那么,编程和编码到底是什么呢?

简单地说,编程就是开发软件,而编码就是开发软件所需的语言。人们一直认为编程是只有来自信息技术或计算机科学背景的人才能做的。但是,编程和编码是任何开发软件和处理数据的人的基础。近年来,对生物数据集的编程和编码有巨大的需求。

作为生物技术或生命科学专业的学生,为什么要学习编程?

计算生物学家戈登·韦伯斯特在他的一篇文章中引用“对于生命科学家来说,学习编程就像学习飞翔”。将计算技能融入生命科学或生物技术的学生和研究人员可以被认为是覆盖计算思维深度的先决条件。令人惊讶的是,生物信息学领域在这方面发挥了交叉作用。

计算生物学与生物信息学时代

什么是生物信息学

生物信息学是一个跨学科的领域,包括利用计算工具分析和解释数据的不同科学分支。

编程的重要性发挥了作用,因为新一代测序平台产生的大量生物数据是巨大的,不需要软件或工具就可以分析和解释。另外,为了研究人员的方便,基因组学和生物信息学已经成功地分析和比较了大量的基因组数据。

在所有这些情况下,生物学和计算机科学的互补技能都是必需的。像生物学一样学习生物信息学可能会很混乱。但是,编码为理解不同的生物体、不同的条件和不同的系统提供了多种可能性。

如果你使用大多数生物信息学工具,你会发现它们中的大多数都是在命令行界面上工作的,这需要一定的编码量。学习生物信息学不仅可以帮助你构建算法和管道,还可以帮助你从计算的角度理解生物问题。

如何提高作为一个理学士/理学士的就业能力。科技生物技术的学生

我作为一个生物技术毕业生学习R编程的路线图

要有效地使用一种编程语言,不仅要掌握不同编程语言的基础知识,而且要掌握至少一种语言。到目前为止,已经使用了几种编程语言来处理人类、植物和微生物的数据。对于大规模数据分析,了解统计是一个先决条件。R编程是生物信息学中应用最广泛的编程语言之一,用于执行统计、可视化和数据分析。

作为一名生物技术专业的毕业生,我一直倾向于生物信息学。我从大学时代就爱上了编程。当我有机会为我的硕士论文做一个生物信息学项目时,我非常高兴。

然而,正是在那段时间,我听说了R编程。对于这种迷人的编程语言,我是一个新手,但不幸的是,R并没有包含在我的课程中。我的论文写了6个月,所以对我来说,一边学习R,一边做project,时间安排得很紧。然而,我渴望学习它。

通过在线课程学习R编程

最初,我开始在YouTube上学习R,以为它会让我更容易掌握概念,但是,它相当混乱。幸运的是,我报名了R编程的课程,由约翰霍普金斯大学

本课程有一个优秀的教学大纲,提供了对概念的理解,编码技巧,以及统计数据分析的工作示例。任务很有挑战性,但处理起来很令人满意。此外,这些导师都是杰出的科学家,他们会给你一种全新的体验,而不是从课本或YouTube上学习。

自定进度课程的优势

我喜欢Coursera课程的一点是,它对学习主题有灵活的时间安排,如果你第一次没有成功,还提供了尝试完成作业的选项。这有助于学习者纠正错误,取得更好的成绩。

令人惊讶的是,您甚至可以将从R中学到的概念应用到许多编程语言,如Python。上了这门课后不久,我加入了一个在线国际研讨会“MultiOmics Box”,由解码生命以获得更多使用R的实际经验。

我的硕士论文工作为我提供了一个全新的经验,在研究的背景下分析数据。从那时起,我对生物信息学应用研究的好奇心和热情增加了。

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R编程的优点

在科学计算中,R比其他语言更受欢迎的原因有很多。它是一种不断发展的语言,经常对R包进行升级和更新。

  1. 免费使用:R是一种开源语言,这意味着使用它不需要付费许可。它对每个人都是可访问的,任何人都可以对R。
  2. 跨平台的编程语言:R可以在所有操作系统上运行,因此程序员只需编写一个程序就可以开发与所有系统兼容的软件。
  3. 丰富的软件包:R拥有超过10000个包裹,并且数量还在不断增加。这些包在处理大型数据集和执行统计分析时非常有用。
  4. 多功能性:R是一种通用的编程语言,它有助于与其他编程语言进行顺畅的协作。

R程序设计在生物信息学中的应用

R被许多程序员和科学家用于数据分析、机器学习和统计推断。R提供了大量的统计软件包和库,有利于生物信息学和基因组学领域的分析。

最近,R被认为是其中之一被各个领域的数据分析师和科学家广泛使用的顶级编程语言.由于R被用于跨学科领域,计算机科学家可能想从基因组生物学开始,而生物学家可能想从R编程开始。

在生物学中,实验工作提供数据。由于大量的变化,每次测量都很难得到精确的测量结果。这些数据可以用清晰易懂的R编程的图形和图表来表示。

学习R编程对生物技术和生命科学学生的职业益处

在我的学术生涯中,我有机会学习三种编程语言——C, c++和R。但是,我只在研究项目中使用R。

在本科学习生物信息学基础课程的过程中,我并没有意识到Python和R这样的编程语言可以在生命科学中使用。编程如何对生物技术或生命科学背景的学生有用的意识是模糊的。

多年来,参加研讨会、研讨会、会议和培训项目让我意识到编程可以在职业生涯中创造奇迹。大多数在学术界或在生物技术公司工作的科学家使用电子计算器或电子表格来处理他们的数据。

然而,当您考虑到实验室中研究人员可用的计算资源时,这些良好的工具似乎并不相似。随着新兴技术的出现,需要强大的编程技能来处理大量的生物数据。

作为生命科学或生物技术专业的学生,一开始学习编程可能是一项复杂的任务。但是,对于一名年轻的生物技术专家或生命科学家来说,从事前沿研究需要快速发展的技术和庞大的生物数据集,而扎实的编程和统计技能是高效工作所必需的。

作为生物技术专业的学生学习编码和编程的最大优势

  • 通过掌握计算机科学和生物学的技能,生命科学或生物技术毕业生可以在生物信息学方面有专长。生物信息学是不可或缺的,也是一条有前途的职业成功之路。生物信息学家在工业界和学术界的就业能力具有竞争力的薪水和长期的职业生涯。
  • 像R这样的编程语言已经被数据科学家用作大多数项目的首选工具。在生命科学或生物技术行业作为数据科学家的职业是具有挑战性的,但有潜力通过创新为现有的数据带来新的工具。
  • 学术界的研究人员和医学科学家在数学和统计学等定量领域拥有广泛的知识,他们也学习和使用R来分析基因组数据。如果你的目标是在学术界从事研究工作,任何一种编程语言的专业知识对你的研究工作都是有价值的。

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给高中生的职业建议

把R作为第一种编程语言来学习并不像你想象的那么奇怪。向高中生介绍R编程将教会他们如何思考代码,并将直接影响他们未来的职业生涯。

一个学习R的本科生可能几个月都不会使用他们的编程语言,而一个研究生可能需要立即申请他们的研究项目。类似地,一个学习R的高中生将有足够的时间将代码应用到一个高效的系统中。学习R编程将为高中生打开机会或职业道路的大门。

数学和统计学在高中课程中很受欢迎。学习R的基础知识可以帮助学生将他们的知识与他们所写的代码联系起来,还可以将代码的输出与他们的计算结果进行比较。因此,尽早投入时间和精力会给你的职业前景带来意想不到的回报。

编者按

Ankita将在以下两个暑期项目中教授R编程:

高中生物信息学与生物统计学暑期项目(适合10 - 12年级学生)

人工智能与生物数据科学夏令营(适合高中生和大学生)

关于Ankita伽:

Ankita -生物技术专业毕业生,擅长R编程和生物信息学

安基塔曾在NuGenomics担任数据管理实习生。她完成了生物技术学士和硕士学位,并在CSIR、Pine Biotech和Guwahati Biotech Park实习。

安基塔来自印度茶叶产量最高的地方,这里以红河蓝山而闻名——阿萨姆邦。写文章是她的爱好,旅行是她的爱好,她是一个巨大的美食爱好者。

特色图片来源:遗传学消化

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Tanmoy雷
我是一名职业顾问和入学顾问。此外,我还负责stodnt的运营。我在英国获得硕士学位。阿斯顿大学),并曾在牛津大学(英国),乌得勒支大学(荷兰)新南威尔士大学(澳大利亚)和MeetUniversity(印度)。
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